食品无尘车间供水与排水设施是非常重要的区域，在供水管的选材上应注意选购防生锈、防腐蚀的材料。供水方向应逆加工进程方向，即由清洁区向非清洁区流。净化车间内的供水管路应尽量统一走向，冷水管要避免从操作台上方通过，以免冷凝水凝集滴落到产品上。为了防止水管外不洁的水被虹吸和倒流入管路内，须在水管适当的位置安装真空消除器。净化车间的排水沟应该用表面光滑，不渗水的材料铺砌，施工时不得出现凹凸不平和裂缝，并形成3%的倾斜度，以保证车间排水的通畅，排水的方向也是从清洁区向非清洁区方向排放。 排水沟上应加不生锈材料制成活动的蓖子。 车间排水的地漏要有防固形物进入的措施，畜禽加工厂的浸烫打毛间应采用明沟，以便于清除羽毛和污水。排水沟的出口要有防鼠网罩，净化车间的地漏或排水沟的出口应使用U 型或P型，S 型等有存水弯的水封，以便防虫防臭。

车间供水与排水系统是一个复杂的工程，必须经过专业人士对厂区进行考察，然后加以设计管道布置图方能达到以上效果。